Les années 2000 sont celles des nouveaux projets pour la bibliothèque, confrontée à la saturation de ses magasins à livres et à la non-conformité de ses locaux aux règles de sécurité.

Projet d'Etablissement 2009 - 2012 (télécharger le projet au format pdf) a mis en avant les missions de cette bibliothèque unique :

• Une bibliothèque de recherche pluridisciplinaire en sciences humaines et sociales de dimension nationale.
• Une grande bibliothèque patrimoniale.
• Une vocation régionale forte.

Ce projet d’établissement fixe à la BNU des objectifs à atteindre :

• mieux connaître ses publics cibles
• clarifier sa politique documentaire (Charte documentaire, Carte documentaire d'Alsace)
•  améliorer les services aux chercheurs (notamment au niveau des services à distance)

Aujourd’hui, de grands projets sont en cours :

• le transfert sur informatique et la mise en ligne des collections entrées avant 1920
• le chantier de réhabilitation/mise en sécurité de la BNU : le 20 juin 2006, un jury a désigné l'équipe d'architecture lauréate du concours qui avait fait l'objet de 6 dossiers. C'est l'agence Nicolas Michelin (Paris) qui a été retenue.