La richesse des fonds de la BNU est reconnue au niveau national, et plus particulièrement dans quelques domaines d'excellence. Ceux-ci font l'objet d'un soutien du Ministère de l'Education nationale, du Ministère de la culture ou des collectivités territoriales, soit pour leur accroissement, soit pour leur mise en valeur.

Il s'agit des questions européennes, des études germaniques, des sciences religieuses, des sciences de l'antiquité, de la documentation alsatique.