La BNU conserve de multiples fonds documentaires particuliers, propices à des programmes de recherche reposant pour partie sur la numérisation de sources. 

1. Fonds Scheurer-Kestner :

La correspondance reçue par le célèbre chimiste, député et sénateur mulhousien Auguste Scheurer-Kestner (1833-1899) a été numérisée par la BNU en 2011 à la demande de Jean-Michel Chézeau, ancien directeur de l’École de chimie de Mulhouse, en coopération avec le Club d'Histoire de la Chimie (CHC). Cet ensemble de lettres datées entre 1850 et 1898 compte 712 pièces. La numérisation a été réalisée par les équipes de la BNU. L'intérêt de ce fonds est multiple : la chimie, mais aussi les questions de société et de politique y trouvent des échos. 

Correspondance d'Auguste Scheurer-Kestner sur des sujets scientifiques avec différents chimistes, XIXe siècle.Correspondance d'Auguste Scheurer-Kestner sur des sujets scientifiques avec différents chimistes, XIXe siècle.

2. Fonds Warnkoenig :

Le fonds Léopold Auguste Warnkoenig (BNUS Ms.2.449 – Ms.2.470), d’une richesse exceptionnelle, constitue une source de premier ordre pour l’histoire de la pensée juridique européenne et sur les relations entre les juristes français et allemands au 19e siècle. Mené en partenariat avec l'Université Bordeaux IV, sous la direction scientifique des professeurs Frédéric Audren (chargé de recherche au CNRS, École de droit de SciencesPo et Centre d’études européennes) et Nader Hakim (professeur à l’Université Montesquieu Bordeaux IV, CADH), avec le soutien de Jean-Louis Halpérin (professeur à l’École normale supérieure, rue d'Ulm) et de Céline Pauthier (maître de conférences à la Faculté de droit de Strasbourg), ce projet conduit en 2012 a permis de numériser l'intégralité de ce fonds très important notamment pour comprendre la naissance en 1819 de la première revue scientifique juridique, la Thémis ou Bibliothèque du jurisconsulte.

NB : Pour une description sommaire de ce fonds, G. Wild, Leopold August Warnkönig 1794 - 1866. Ein Rechtslehrer zwischen Naturrecht und historischer Schule und ein Vermittler deutschen Geistes in Westeuropa,  dans Freiburger rechts- und staatswissenschaftliche Abhandlungen, volume 17, Karlsruhe, 1961, ainsi que L Halkin, Quelques notes sur Warnkoenig et sa correspondance, Liège, 1934 (extr. du Bulletin de l’Association des amis de l’Université de Liège). 

Correspondance littéraire entre MM. Blondeau, à Paris, et Warnkœnig, à Liège, 1818-1825.Correspondance littéraire entre MM. Blondeau, à Paris, et Warnkœnig, à Liège, 1818-1825.

3. Cartes célestes :

Ensemble de cartes célestes en couleurs, très richement décorées et datant des 17e et 18e siècles. Le découpage du ciel était le plus souvent fondé sur la reconnaissance de figures mythologiques propres à chaque culture. Les anciennes cartes célestes mettent ainsi en avant les aspects légendaires ou esthétiques de ces constellations.

Plusieurs cartes sont issues de l'atlas céleste le plus admirable d'Andreas Cellarius, Harmonia macrocosmica, seu atlas universalis et novus (cote BNU : CARTE.912.99), publié en 1660. Cet atlas présente des gravures des systèmes cosmologiques de Claude Ptolémée, Tycho Brahé, Johannes Kepler et Nicolas Copernic. La BNU possède l'édition de 1708, rééditée par Schenk et Valk.

4. Livres d'amitié :

Le fonds de livres d'amitié (albums, alba amicorum, ou encore Stammbücher) de la Bibliothèque nationale et universitaire de Strasbourg compte une soixantaine de pièces, datant du 16e au 20e siècle, parvenues à la bibliothèque par dons ainsi que par des achats qui s'échelonnent depuis sa fondation jusqu'à aujourd'hui. Carnets de toutes tailles mais le plus généralement de format oblong, ils sont constitués de feuilles volantes vierges et sont destinés à être remplis par les amis à qui ils étaient proposés. Ceux-ci y inscrivaient quelques lignes, une citation biblique, un proverbe, un poème, une devise et y dessinaient également ou faisaient dessiner un blason, une petite scène figurant l'amitié, un dessin à la plume, du papier découpé, de la broderie... En tant que source historique, les albums d'amitié sont précieux pour l'étude des réseaux de sociabilité et la BNU se concentre naturellement sur les albums en relation avec l'Alsace. 

Ce projet est mené en collaboration avec la Württembergische Landesbibliothek de Stuttgart, partenaire de longue date de la BNU, qui numérise ses propres fonds en parallèle de la BNU, à partir du second semestre 2013. Ces deux collections seraient complétées par d'autres fonds strasbourgeois comme celui de la bibliothèque de la Société des amis des arts et des musées de Strasbourg, comprenant 150 livres d'amitié en langue française et au format à l'italienne datant de la toute fin du 18e siècle et du 19e siècle. L'objectif à moyen terme serait de pouvoir proposer un portail spécialisé sur les livres d'amitié, auquel pourraient participer d'autres institutions, en France et à l'étranger, qui posséderaient ce type de documents.

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