Le Conseil d’administration de la BNU est composé de 29 membres ayant voix délibérative, (décret n°92-45 modifié, article 8). Il est présidé par M. Bernard Coulie, professeur ordinaire à l’Université catholique de Louvain, Recteur honoraire.
Avec le décret n° 92-45 du 15 janvier 1992 modifié, et notamment ses articles 3 et 13, et au vu de la délibération du Conseil d'administration de la Bibliothèque nationale et universitaire de Strasbourg en date du 25 novembre 2011, il est créé un conseil scientifique de la Bibliothèque nationale et universitaire de Strasbourg, instance consultative destinée à éclairer les choix et les décisions relatives à la po
L'Administration regroupe l'ensemble des services entourant l'Administrateur de l'établissement : le Secrétariat général, la mission BNU Nouvelle et l'Action culturelle, les Relations internationales et la Communication externe.
La Direction du développement des collections réunit les services des acquisitions monographiques, des périodiques, des ressources électroniques, du dépôt légal et des entrées.
La Direction de la conservation et du patrimoine rassemble autour du Directeur, le service en charge des Réserves, l'atelier de restauration, le service de l'iconographie-cartographie, le service de la bibliothèque numérique et l'équipement du livre.
La Direction du système d'information assure le pilotage du Centre de ressources informatiques (CRI), des services de la rétroconversion et du catalogage.
La Direction des services au public est en charge des services assurant l'accueil du public, ainsi que du service de la navette et du prêt entre bibliothèques.
