La Bibliothèque nationale et universitaire est dirigée par un administrateur choisi parmi les conservateurs de bibliothèque et nommé par le ministre chargé de l'enseignement supérieur et de la recherche.
Il peut exercer au plus deux mandats d'une durée de cinq années chacun.
Dirigé par le Secrétaire général, choisi dans le corps des conseillers d'administration scolaire et universitaire (CASU), le secrétariat général gère les questions relatives aux ressources humaines, aux affaires financières, aux aspects techniques et logistiques de l'établissement ainsi que l'entretien des bâtiments.
Chargé de mission BNU Nouvelle, Pierre Louis, conservateur général, est l'interlocuteur privilégié de la maîtrise d'ouvrage (Rectorat de l'Académie de Strasbourg) et de la maîtrise d'œuvre (Agence Nicolas Michelin et associés ainsi que Christophe Bottineau, Architecte en chef des Monuments historiques).
Le service assurant l'élaboration et la mise en place de la programmation culturelle, le développement des partenariat et la valorisation des activités de l'établissement est dirigé par un conservateur chargé de mission auprès de l'Administrateur pour l'action culturelle, les relations internationales et la communication externe (ARC).