Avec le décret du 15 janvier 1992 modifié par le décret du 8 septembre 2010, la BNU est dotée d'un nouveau Conseil d'administration organisé autour de 29 personnalités de droit, élues ou cooptées auxquelles se joignent 11 personnalités ayant voix consultative.

Le Conseil d'administration de la BNU est présidé par Jacques Le Rider.

Membres de droit
- Dominique Arot, Doyen de l'Inspection générale des bibliothèques, Vice-président du Conseil d'administration
- Jagland Thorbjorn, Secrétaire général du Conseil de l'Europe
- Alain Beretz, Président de l'Université de Strasbourg
- Christine Gangloff-Ziegler, Présidente de l'Université de Haute-Alsace
- Hans-Jochen Schiewer, Président d'EUCOR
- Roland Ries, Sénateur-Maire de Strasbourg
- Jacques Bigot, Président de la Communauté urbaine de Strasbourg
- Philippe Richert, Ministre chargé des Collectivés territoriales, Président de la Région Alsace
- Guy-Dominique Kennel, Président du Conseil général du Bas-Rhin
- Charles Buttner, Président du Conseil général du Haut-Rhin
- Représentant du Chapitre de Saint-Thomas

Membres élus de l'Université de Strasbourg
- Christian Grappe, Professeur à la Faculté de Théologie protestante
- Danièle Grosheny, Maître de conférence en Géologie
- Céline Pauthier, Maître de conférence en Droit
- Benoît Tock, Professeur d'Histoire du Moyen-Âge

Membres élus - Personnel de la BNU
- Françoise Durrive, Conservateur
- Jérôme Schweitzer, Conservateur
- Madeleine Zeller, Conservateur
- Sandra Halter, IATOSS
- Dmitry Kudryashov, IATOSS
- Martine Streicher, IATOSS

Personnalités du monde culturel et scientifique
- Alain Hauss, Directeur régional des Affaires culturelles
- Jean-Sébastien Dupuit, Inspecteur général des Affaires culturelles
- Michel Fichant, Professeur émérite Université Paris IV-Sorbonne

Usagers
- Albert Châtelet, Président de l'Association des Amis de la BNU
- Lucien Braun, Président de l'Université populaire européenne
- Thibaut Klein, Association fédérative générale des étudiants de Strasbourg - AFGES
- Romaric Devidal-Storck, Union nationale des étudiants de France - UNEF

Membres avec voix consultative
- Albert Poirot, Administrateur de la BNU
- Christian Mure, Contrôleur financier
- Xavier Rzepka, Agent comptable
- Dominique Wolf, Directrice par intérim du Service commun de la Documentation (UdS)
- Laurent Masson, Secrétaire général de la BNU
- Frédéric Blin, Directeur de la conservation et du patrimoine (BNU)
- Christophe Cassiau-Haurie, Directeur des services au public (BNU)
- Dominique Grentzinger, Directeur du développement des collections (BNU)
- François Quéré, Directeur du système d'information (BNU)

Représentante du Ministre de l'Enseignement supérieur et de la Recherche
- Armande Le Pellec Muller, Recteur de l'Académie de Strasbourg, Chancelier des Universités d'Alsace

Membre invité à la demande du Président de séance 
- Alain Colas, Chef de la Mission de l'information scientifique et technique et du réseau documentaire (MESR)
- Michel Marian, Adjoint au chef de service de la coordination stratégique et des territoires (MESR)

Membre invités à la demande de l'Administrateur
- Christophe Didier, Adjoint de l'Administrateur (BNU)
- Pierre louis, Chargé de mission BNU Nouvelle (BNU)